📑 목차
안녕하세요.
세무회계 프리미어 대표 권혁우 세무사입니다.
과세예고통지서 이의신청을 문의하시는 분들을 보면, 똑같은 통지서를 받고도 결과가 정반대로 갈리는 경우가 의외로 많거든요.
한 분은 세금을 상당 부분 돌려받고, 다른 한 분은 한 푼도 못 줄인 채 그대로 납부하셨습니다.
차이는 실력이 아니라 “지금 내가 어느 단계인지”를 제때 구분했느냐였어요. 그 갈림길을 2026년 현재 국세 불복 절차 기준으로, 사례부터 풀어 정리해 드리겠습니다.

같은 통지서, 정반대 결과 — 온라인 쇼핑몰 사례
익명화한 상담 사례부터 보여 드릴게요.
온라인에서 의류 쇼핑몰을 운영하는 K 대표님은 과세예고통지서를 받고 “어차피 세무서가 알아서 하겠지” 하며 30일을 그냥 흘려보내셨습니다.
그러다 막상 예상보다 훨씬 큰 금액의 납부고지서가 날아오니 그제야 당황해 연락을 주셨어요.
고지서를 받은 지 18일째였고, 다행히 고지 후 90일 기한은 72일이나 남아 있었습니다.
내용을 뜯어보니 매출 집계 과정에서 고객에게 돌려준 반품·환불 금액 4,200만 원이 매출에 그대로 잡혀 과세된 부분이 있었습니다.
실제로 들어온 돈이 아닌데 세금이 붙은 거죠.
쇼핑몰 정산 내역과 PG사 환불 데이터, 통장 출금 기록이 정리돼 있어 이를 근거로 이의신청서를 작성해 제출했습니다.
결과는 숫자로 분명했습니다.
환불금 4,200만 원이 매출에서 제외되면서 부가가치세 약 420만 원, 여기에 연동된 종합소득세까지 더해 합산 700만 원가량이 줄었어요.
청구 후 27일째에 일부 채택 결정을 받았고, 결과에 만족하셨기에 심판청구까지 가지 않고 마무리했습니다.
만약 K 대표님이 90일마저 놓쳤다면, 이 700만 원은 다툴 기회조차 없이 확정됐을 겁니다.
지금 고지 전인가, 고지 후인가부터 가르세요
과세예고통지서 이의신청을 고민하실 때 가장 먼저 확인할 것은, 세금 고지서(납부고지서)가 이미 발부됐는지 여부입니다.
이 한 가지로 선택할 수 있는 수단이 완전히 달라지거든요.
① 과세예고통지서만 받은 경우 (세금 고지 전)
이때 필요한 건 이의신청이 아니라 과세전적부심사청구입니다.
통지서 수령일로부터 30일 이내에, 통지를 보낸 세무서장 또는 지방국세청장에게 청구합니다.
청구가 접수되면 결정이 날 때까지 해당 부분의 과세처분이 유보된다는 점이 가장 큰 장점이에요.
다만 청구금액이 일정 규모(국세청 훈령상 큰 사건) 이상이거나 국세청 감사 지적 사항 등은 국세청장이 직접 심사합니다.
이 30일을 놓치면 고지 전 사전 구제 수단은 사라지고, 그다음은 고지서가 나온 뒤의 절차로 넘어갑니다.
② 납부고지서를 받은 경우 (세금 고지 후)
이제부터가 본격적인 과세예고통지서 이의신청 단계, 즉 사후 불복입니다.
이의신청·심사청구·심판청구 중에서 고르실 수 있어요.
세 가지 모두 고지서 수령일로부터 90일이 공통 기한이고, 이 90일을 넘기면 불복 자체가 막힙니다.
이의신청은 반드시 거쳐야 하는 절차가 아니라 임의 절차라서, 곧바로 심판청구로 가셔도 됩니다.
③ 이의신청 결정 이후에도 다툼이 남는다면
이의신청에서 기각 결정을 받으셨다면, 그 결정서를 받은 날로부터 다시 90일 이내에 심사청구(국세청장) 또는 심판청구(조세심판원장)를 선택합니다.
심사청구와 심판청구는 둘 중 하나만 가능하고 동시에 제기할 수 없어요.
세금 규모가 크거나 법률 해석이 핵심 쟁점이라면, 이의신청을 건너뛰고 독립 기관인 조세심판원에 바로 가는 편이 효과적인 경우도 있습니다.

절차 한눈에 비교 — 과적·이의·심사·심판
고지 전후로 선택할 수 있는 불복 수단을 표로 묶으면 헷갈리지 않습니다.
| 구분 | 시점 | 청구 기한 | 청구처 / 결정기간 |
|---|---|---|---|
| 과세전적부심사청구 | 고지 전 | 통지 수령 30일 이내 | 세무서장·지방청장(일부 국세청장) / 30일 |
| 이의신청 | 고지 후 | 고지서 수령 90일 이내 | 처분한 세무서장·지방청장 / 30일 |
| 심사청구 | 고지 후 또는 이의 결정 후 | 90일 이내 | 국세청장 / 90일 |
| 심판청구 | 고지 후 또는 이의 결정 후 | 90일 이내 | 조세심판원장 / 90일 |
과세전적부심사청구는 청구하면 그 부분 과세가 유보되지만, 고지 후 절차(이의·심사·심판)는 청구한다고 해서 납부가 자동으로 멈추지 않습니다.
이 차이를 모르고 “청구했으니 납부는 기다려도 되겠지” 하다가 가산세를 떠안는 분이 적지 않아요.
행정소송으로 가기 전에는 심사청구·심판청구·감사원 심사청구 중 하나를 반드시 거쳐야 하는 필요적 전치주의가 적용된다는 점도 같이 기억해 두세요.
아직 고지서가 안 나오셨나요? 그럼 단계가 다릅니다
과세예고통지서만 받은 상태라면 30일 안의 과세전적부심사청구가 먼저입니다.
고지 전 단계의 절차와 기한을 따로 정리해 두었습니다.
이의신청, 실제로 이렇게 진행합니다
고지서를 받으셨고 다툴 여지가 있다고 판단되면, 과세예고통지서 이의신청에서 이어지는 사후 불복은 다음 순서로 진행됩니다.
1단계 — 다툴 항목 특정하기
고지서에 적힌 세금 중 어디가 잘못됐는지 구체적으로 짚어야 합니다.
과세 근거의 오류, 세율 착오, 빠진 공제 항목, 앞 사례처럼 매출이 아닌 금액이 매출로 잡힌 경우 등이 대표적이에요.
“세금이 너무 많다”는 막연한 주장만으로는 유리한 결과를 얻기 어렵습니다.
2단계 — 이의신청서 작성·제출
이의신청서 서식은 국세청 홈택스에서 내려받거나 전자 제출할 수 있습니다.
홈택스 경로는 민원·상담·불복 → 불복청구 → 이의신청이고, 사유와 청구 금액을 구체적으로 적어야 해요.
처분을 한 세무서장 또는 지방국세청장에게 제출합니다.
3단계 — 증빙 첨부, 부족하면 보완
주장을 뒷받침할 계약서·세금계산서·정산 내역·통장 입출금 기록을 함께 냅니다.
증빙이 탄탄할수록 채택 가능성이 올라가거든요.
자료 준비에 시간이 걸리면 신청서를 먼저 접수하고 나중에 보완하셔도 됩니다.
4단계 — 결과 수령 후 다음 판단
청구 후 30일 이내에 결과가 통지됩니다.
채택이면 세금이 줄거나 취소되고, 기각이면 결정서를 받은 날로부터 90일 안에 심사청구 또는 심판청구로 이어갈 수 있어요.
참고로 이의신청 중에도 납부기한은 따로 흘러가므로, 부담이 크다면 납부기한 등의 연장이나 징수유예를 별도로 신청해 두는 게 안전합니다.
징수유예는 납세자가 사업의 현저한 손실 등 사유를 들어 관할 세무서에 신청하는 제도로, 경우에 따라 담보 제공이 요구될 수 있습니다.

청구 전 점검 체크리스트와 기한 경고
과세예고통지서 이의신청에 들어가기 전, 아래 다섯 가지는 꼭 직접 확인하세요.
- 고지서를 받은 날짜를 적었는가 — 90일 기한 계산의 출발점입니다.
- 지금이 고지 전인지 후인지 구분했는가 — 과적이냐 이의냐가 갈립니다.
- 다툴 항목을 숫자로 특정했는가 — 막연한 주장은 기각으로 이어집니다.
- 증빙이 준비됐는가 — 없으면 접수 후 보완 일정을 잡으세요.
- 납부·징수유예를 별도로 검토했는가 — 청구해도 납부는 멈추지 않습니다.
마지막으로 기한 이야기를 한 번 더 강조하겠습니다.
고지 전 30일, 고지 후 90일은 하루도 봐주지 않는 절대 기한이에요.
단 하루만 넘겨도 내용을 들여다보기 전에 요건 미비로 각하되고, 앞서 본 700만 원처럼 다툴 수 있었던 금액이 그대로 확정됩니다.
게다가 사유를 특정하고 증빙을 모아 청구서를 쓰는 시간을 빼면 실제 가용 기간은 그보다 훨씬 짧습니다.
통지서나 고지서를 받으신 그날, 가장 먼저 본인이 어느 단계인지부터 확인하시는 것이 700만 원을 지키는 첫걸음입니다.
자주 묻는 질문(FAQ)
Q1. 과세예고통지서를 받았는데 이의신청을 하면 되나요?
아직 납부고지서가 나오기 전이라면 이의신청이 아니라 과세전적부심사청구가 맞습니다.
통지서 수령일로부터 30일 이내에 청구해야 하고, 고지서가 나온 뒤라야 이의신청을 포함한 사후 불복을 할 수 있습니다.
Q2. 이의신청을 꼭 거쳐야 심판청구를 할 수 있나요?
아닙니다. 이의신청은 임의 절차라서 건너뛰고 고지서 수령 후 90일 안에 바로 심판청구를 하실 수 있어요.
다만 쟁점이 단순하고 금액이 크지 않으면, 빠르고 비용이 적은 이의신청을 먼저 시도해 볼 만합니다.
Q3. 이의신청을 하면 세금 납부가 미뤄지나요?
자동으로 미뤄지지 않습니다. 청구와 납부기한은 별개로 진행되거든요.
납부를 미루면 납부지연 가산세가 붙으므로, 부담이 크면 납부기한 연장이나 징수유예를 따로 신청하셔야 합니다.
Q4. 심사청구와 심판청구를 둘 다 넣어도 되나요?
둘 중 하나만 선택할 수 있고 동시 제기는 불가능합니다.
금액과 쟁점의 성격을 보고, 국세청장에게 하는 심사청구와 독립 기관인 조세심판원의 심판청구 중 하나를 정하시면 됩니다.
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