통합고용세액공제 상시근로자 수 계산법, 2025 귀속 A·B 방식 적용 정리

안녕하세요.

세무회계 프리미어 대표 권혁우 세무사입니다.

3월 법인세 신고 시즌이 되면 직원을 채용한 법인 대표들로부터 통합고용세액공제 상시근로자 수 관련 문의가 집중됩니다.

올해는 특히 하나 더 챙겨야 할 사항이 생겼습니다.

2026년 2월 27일 조세특례제한법 시행령 개정으로 통합고용세액공제 상시근로자 수 계산 방식 자체가 변경되었기 때문입니다.

기존 방식대로 계산하여 신고서를 제출하면 공제 금액이 달라질 수 있어, 이번 포스팅에서 현행 세법 기준으로 실무 관점에서 정리해 드리겠습니다.

2025 귀속 신고에서 어느 방식을 쓰나

시행령은 2026년 2월 27일부터 시행되었고, 영 시행 이후 과세표준을 신고하는 경우부터 적용한다고 규정되어 있습니다.

그런데 국세청이 재정경제부 세제실에 확인하여 안내한 기준에 따르면, 신뢰보호 측면을 고려하여 통합고용세액공제 상시근로자 수 산정 시 B 방식은 2025년을 최초 공제 연도(1차년도)로 신고하는 경우부터 적용한다는 것입니다.

이 내용은 국세청 법인세과가 2026년 3월에 배포한 협조 안내문에 명시되어 있습니다.

이를 정리하면 다음과 같습니다.

2025 사업연도 구분	적용 방식	비고
2025년이 1차 연도인 경우	B 방식 (개정)	개인별 근무 개월 수 기준
2025년이 2차 연도인 경우	A 방식 (기존)	월말 인원 평균 기준
2025년이 3차 연도인 경우	A 방식 (기존)	월말 인원 평균 기준

2025년에 처음으로 상시근로자가 증가하여 이번에 1차년도 공제를 신청하는 법인은 통합고용세액공제 상시근로자 수를 B 방식으로 계산해야 합니다.

반면 2023년이나 2024년에 이미 1차년도 공제를 받았고, 올해가 2차 또는 3차 연도에 해당하는 법인은 기존 A 방식을 그대로 사용합니다.

이 구분을 놓치면 서식 작성 자체가 잘못됩니다.

공제세액 계산서(별지 제10호의 9서식) 상에서도 1차년도 요건을 계산하는 란에는 B 방식이, 2·3차년도 요건을 계산하는 란에는 A 방식이 각각 명시되어 있으니, 서식의 해당 란을 반드시 확인하시기 바랍니다.

무엇이 어떻게 바뀌었나 — A 방식 vs B 방식

통합고용세액공제 상시근로자 수를 산정하는 기존 방식(이하 ‘A 방식’)은 매월 말 상시근로자 수를 합산한 뒤 과세 연도 개월 수로 나누는 방식이었습니다.

월별 인원 스냅샷을 평균 낸다고 이해하면 됩니다.

개정된 방식(이하 ‘B 방식’)은 근로자 개인별로 실제 근무 개월 수를 과세 연도 개월 수로 나눈 값을 먼저 구한 뒤, 이 값들을 모두 합산하는 방식입니다.

직원 한 명 한 명이 1년 중 몇 개월을 실제로 근무했는지를 먼저 계산하고, 그 수치를 모두 더해 회사 전체의 인원 수를 산출하는 것입니다.

두 방식 모두 100분의 1 미만은 절사합니다.

A 방식은 월말 기준 재직 인원의 평균이기 때문에 월 중도 입사·퇴사자의 실제 근무일이 제대로 반영되지 않는 문제가 있었습니다.

B 방식은 개인별 실제 근무 기간을 기준으로 하기 때문에 더 정밀하게 반영됩니다.

실무에서는 하반기에 채용이 집중된 회사일수록 두 방식 간 차이가 크게 날 수 있습니다.

통합고용세액공제, 왜 상시근로자 수가 핵심인가

통합고용세액공제(조세특례제한법 제29조의 8)는 전년 대비 통합고용세액공제 상시근로자 수가 증가한 기업에 대해 법인세를 공제해 주는 제도입니다.

공제 금액은 기업 규모, 지역, 청년 등 고용 유형에 따라 달라집니다.

중소기업 기준으로 청년 등 상시근로자 1명 증가 시 수도권 밖에서는 1,550만 원, 수도권 내에서는 1,450만 원이 공제됩니다.

청년 외 일반 상시근로자의 경우 수도권 내 850만 원, 수도권 밖 950만 원이 적용됩니다.

중소기업과 중견기업은 공제가 3년에 걸쳐 이어지는 구조이므로, 한 번 공제를 받으면 2·3차년도 사후관리까지 상당한 세액 절감 효과가 지속됩니다.

공제액이 수천만 원 단위이다 보니, 통합고용세액공제 상시근로자 수 산정이 한 명이라도 달라지면 공제액에 직접적인 영향을 줍니다.

바로 이 계산 기준이 이번 시행령 개정으로 바뀐 것입니다.

구분	청년 등 상시근로자	일반 상시근로자	공제 지속
중소기업 (수도권 내)	1,450만 원	850만 원	3년
중소기업 (수도권 밖)	1,550만 원	950만 원	3년
중견기업	800만 원	450만 원	3년
대기업	400만 원	0원	1년

상시근로자 범위와 실무 판단 기준

통합고용세액공제 상시근로자 수 산정에서 상시근로자는 근로기준법에 따라 근로계약을 체결한 내국인 근로자를 말합니다.

단, 다음에 해당하는 사람은 산정에서 제외됩니다.

• 근로 기간이 1년 미만인 근로자 (단, 계약이 연속 갱신되어 총 기간이 1년 이상이 되면 포함)
• 월 소정근로시간 60시간 미만인 단시간 근로자
• 법인세법 시행령상 임원
• 최대주주·최대 출자자 및 그 배우자, 직계존비속, 친족
• 원천징수 및 4대보험 납부 사실이 모두 확인되지 않는 자

월 소정근로시간 60시간 이상인 단시간 근로자는 통합고용세액공제 상시근로자 수에 포함되나, 원칙적으로 0.5명으로 계산합니다.

단, 무기계약이고 차별 없는 처우, 시간당 임금이 최저임금의 120% 이상(중소기업 기준) 등 요건을 모두 충족하는 상용형 시간제 근로자는 0.75명으로 계산됩니다.

출산휴가자는 4대보험료가 납입되기 때문에 상시근로자 수에 포함됩니다.

반면 육아휴직자는 원천징수를 하지 않는 기간은 근무기간으로 간주하지 않기 때문에, 해당 기간만큼 B 방식 계산 시 근무 개월 수에서 제외됩니다.

육아휴직자가 많은 회사라면 통합고용세액공제 상시근로자 수가 예상보다 낮게 산출될 수 있으므로 주의가 필요합니다.

실제 사례로 보는 A·B 방식 계산 비교

제조업을 영위하는 중소기업 A사(수도권 내, 연 매출 50억 원대)를 예로 들어 통합고용세액공제 상시근로자 수를 실제로 계산해 보겠습니다.

2024년 말 상시근로자가 20명이었고, 2025년 7월에 청년 정규직 2명을 추가 채용하여 연말 기준 22명을 유지했습니다.

A 방식 계산:

1~6월은 월말 20명, 7~12월은 22명이므로 연평균은 (20×6 + 22×6) ÷ 12 = 21명입니다.

B 방식 계산:

기존 20명은 각각 12개월÷12 = 1.00명씩, 신규 2명은 각각 6개월÷12 = 0.50명씩이므로 합계는 20×1.00 + 2×0.50 = 21명으로 동일합니다.

이 사례처럼 월말 기준 인원 변동이 단순할 때는 두 방식의 차이가 크지 않습니다.

그러나 아래 상황에서는 통합고용세액공제 상시근로자 수 산정 결과가 방식에 따라 실질적으로 달라집니다.

상황	A 방식 영향	B 방식 영향
월 중도 입퇴사 반복	월말 재직 시만 카운트	실제 근무 개월 수 반영
단시간 근로자 다수	월말 0.5명으로 카운트	근무 개월 비례 0.5명
육아휴직 복귀자	복귀 후 월말 기준 포함	실제 근무 개월만 산입
하반기 집중 채용	월말 인원에 바로 반영	채용 이후 개월만 비례 산입

특히 하반기에 채용이 집중되었거나 육아휴직 복귀자가 여럿 있는 경우, B 방식에서 전년 대비 증가 폭이 줄어들어 공제액 자체가 감소할 수 있습니다.

반대로 월 중도 퇴사자가 많았던 구조에서는 B 방식이 실제 근무 기여를 더 정밀하게 반영하여 기업에 유리하게 작용하는 경우도 있습니다.

인원 변동이 잦은 회사라면 반드시 B 방식으로 통합고용세액공제 상시근로자 수를 직접 계산해 보고 공제 여부를 확인하는 것이 중요합니다.

신고 전에 두 방식을 모두 시뮬레이션하여 검토해 보는 것을 권장합니다.